2023-2024 sezonunda Süper Lig'de 36 maçta 21 gol atan Džeko, gol krallığı yarışında ikinci sırada yer aldı.
Aynı sezonda Pendikspor ve Konyaspor maçlarında hat-trick yaparak dikkat çekti .
Džeko, Fenerbahçe formasıyla toplamda 20 farklı Süper Lig takımına gol atma başarısı gösterdi .
Fenerbahçe'deki kariyerine 2023 yazında başlayan Džeko, ilk maçında Zimbru ile oynanan UEFA Konferans Ligi eleme karşılaşmasında kaptan olarak sahaya çıktı ve 2 gol atarak etkileyici bir başlangıç yaptı.
2024-2025 sezonunda ise UEFA Avrupa Ligi'nde Lugano'ya karşı oynanan maçta hat-trick yaparak takımına galibiyeti getirdi.
Džeko, Fenerbahçe'deki iki sezonluk kariyerini 46 gol ve 18 asistle tamamlayarak kulüp tarihine adını yazdırdı.