Hastaneden yapılan açıklamada, ilk andan itibaren hayati tehlikesi bulunan Önder’in durumunun ağır olduğu bildirilmişti. Yapılan tüm müdahalelere rağmen, çoklu böbrek yetmezliği sonucu vefat ettiği öğrenildi.
Kalp krizi geçirmeden kısa süre önce Beyoğlu’ndaki bir restoranda yemek yiyen Önder’in, güvenlik kamerasına yansıyan görüntülerinde neşeli ancak yorgun olduğu görüldü. Restoranda yaklaşık yarım saat kalan Önder'in çalışanlarla sohbet edip fotoğraf çektirdiği, ardından evine döndükten kısa bir süre sonra fenalaştığı öğrenildi.
Sırrı Süreyya Önder’in vefatı, başta siyaset dünyası olmak üzere tüm Türkiye’yi yasa boğdu.